На территории Кызылординской области находится Малое Аральское море, река Сырдарья и 201 озеро, имеющие рыбохозяйственное значение. Из них около 20 участков Малого Аральского моря и 164 озера сданы в аренду природопользователям на конкурсной основе. В резервном фонде находятся 37 озер.
За 3 месяца 2025 года в Кызылординской области выловлено 1493,7 тонны рыбы, 93% из них приходится на Малое Аральское море. В 8 стран экспортировано 1193,4 тонны рыбной продукции. В области работают 11 рыбоперерабатывающих заводов, из них 4 имеют «Еврокод» для экспорта в страны Европейского союза.